Hospitali ya Rufaa ya Mkoa,Bukoba  katika kutoa huduma mbalimbali ambapo imeundwa na idara zifuatazo:- 

1. Idara ya Utawala:

2. Idara ya Tiba ya Dharura:

3. Idara ya Upasuaji:

4. Idara ya Watoto:

5. Idara ya Maabara na Nyingine.